הגבעה עליה נמצאים שרידי המצודה נקראת גם קסטיליון או מירד. הגבעה מתנוססת ברום 200 מעל לבקעת הורקניה (הבוקע הדרומי) וחולשת עליה ממערב. כפי הנראה הוקמה המצודה בימי יוחנן הורקנוס בשלהי המאה השנייה לפנה"ס. על חורבות המצודה בנו נזירים ביזנטיים בראשות סבס הקדוש, כנסייה ומנזר (492 לפנה"ס) בשם קסטיליון. אמות המים המתוחכמות של מצודת הורקניה עוררו סקרנות רבה ונחקרו ביסודיות במשך שנים רבות.

גבעת הורקניה היא גבעת מישאר העשוייה סלעים קשים וצבעוניים מתצורת חתרורים השכיחה בקער נבי מוסא. סביבתו בסלעי קירטון רכים ואטומים ובהם נחצבו מערכות משוכללות של אמות ובורות המים (שהכילו למעלה מ – 20,000 מ"ק) שסיפקו את המים למקום. גם מצודה זו הנה אחת משבע מצודות המדבר שנבנו על ידי בית חשמונאי כאתרי תצפית החולשים על גבולה המזרחי של ממלכת יהודה וכמעוזי לחימה לימי מצור. גם בה ניתן למצוא מחסני מזון, בתי אוצרות, בתי כלא למורדים וכאתרי ציון למלכים שבנו אותם.